《中华人民共和国海关保税核查办法》已于2008年3月10日经海关总署署务会议审议通过，现予公布，自2008年6月1日起施行。
第一条为了规范海关保税核查，加强海关对保税业务的监督管理，根据《中华人民共和国海关法》（以下简称海关法）以及其他有关法律、行政法规的规定，制定本办法。第二条本办法所称的保税核查，是指海关依法对监管期限内的保税加工货物、保税物流货物进行验核查证，检查监督保税加工公司、保税物流公司和海关特殊监管区域、保税监管场所内保税业务经营行为真实性、合法性的行为。第三条保税核查由海关保税监管部门组织实施。第四条保税核查应当由两名或者两名以上海关核查人员共同实施。海关核查人员实施核查时，应当出示海关核查证。海关核查证由海关总署统一制发。第五条保税加工公司、保税物流公司以及海关特殊监管区域、保税监管场所经营企业（以下简称被核查人）可以书面向海关提出为其保守商业机密的要求，并具体列明需要保密的内容。海关应当依照国家有关规定，妥善保管被核查人提供的涉及商业秘密的资料。第六条被核查人应当对保税货物和非保税货物统一记账、分别核算。被核查人应当按照《中华人民共和国会计法》及有关法律、行政法规的规定，设置规范的财务账簿、报表，记录保税企业的财务状况和有关保税货物的进出口、存储、转移、销售、使用和损耗等情况，如实填写有关单证、账册，凭合法、有效的凭证记账和核算。被核查人应当在保税货物海关监管期限以及其后3年内保存上述资料。第七条海关可以通过数据核实、单证检查、实物盘点、账物核对等形式对被核查人进行实地核查，也可以根据被核查人提交的纸质单证和报送的电子数据进行书面核查。
第八条海关自保税加工企业向海关申请办理保税加工业务备案手续之日起至海关对保税加工手册核销结案之日止，或者自实施联网监管的保税加工企业电子底账核销周期起始之日起至其电子底账核销周期核销结束之日止，可以对保税加工货物以及相关的保税加工企业开展核查。第九条海关对保税加工企业开展核查的，应当核查以下内容：（一）保税加工企业的厂房、仓库和主要生产设备以及法定代表人、主要负责人等企业基本情况与备案资料是否相符；（二）保税加工企业账册设置是否规范、齐全；（三）保税加工企业出现分立、合并或者破产等情形的，是否依照规定办理海关手续；（四）保税加工企业开展深加工结转、外发加工业务的，是否符合海关对深加工结转或者外发加工条件和生产能力的有关法律法规。第十条海关对保税加工货物开展核查的，应当核查以下内容是否与实际情况相符：（一）保税加工公司申报的进口料件和出口成品的商品名称、商品编码、规格型号、价格、原产地、数量等情况；（二）保税加工公司申报的单耗情况；（三）保税加工企业申报的内销保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、价格、数量等情况；（四）保税加工企业申报的深加工结转以及外发加工货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；（五）保税加工企业申请放弃的保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；（六）保税加工企业申报的受灾保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量、破损程度以及价值认定等情况；（七）保税加工企业的不作价设备的名称、数量等情况。
第十一条海关自保税物流货物运入海关特殊监管区域、保税监管场所之日起至运出海关特殊监管区域、保税监管场所之日止，可以对保税物流货物和相关保税物流企业组织核查。第十二条海关对保税物流企业进行核查的，应当核查以下内容：（一）保税物流企业的厂房、仓库以及法定代表人、主要负责人等公司基本情况与备案资料相不相符；（二）保税物流企业账册设置是否规范、齐全；（三）保税物流企业出现分立、合并或者破产等情形的，是否依照规定办理海关手续。第十三条海关对保税物流货物开展核查的，应当核查以下内容是否与实际情况相符：（一）保税物流货物的进出、库存、转移、简单加工、使用等情况；（二）保税物流货物的出售、转让、抵押、质押、留置、移作他用或者进行其他处置情况；（三）保税物流企业内销保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、价格、数量等情况；（四）保税物流企业申请放弃的保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；（五）保税物流企业申报的受灾保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量、破损程度以及价值认定等情况。
第十四条海关自海关特殊监管区域、保税监管场所验收合格之日起至其经营期限结束之日止，可以对海关特殊监管区域、保税监管场所管理和经营情况开展核查。第十五条海关对海关特殊监管区域开展核查的，应当核查以下内容是不是满足有关法律法规：（一）海关特殊监管区域隔离设施、监视监控设施情况；（二）海关特殊监管区域内人员居住和建立商业性消费设施情况；（三）海关特殊监管区域管理机构建立计算机公共信息平台情况；（四）海关特殊监管区域内被核查人应用计算机管理系统情况；（五）海关特殊监管区域经营企业设置账簿、报表情况。第十六条海关应当对保税监管场所开展下列核查：（一）海关保税监管场所是否专库专用；（二）海关保税监管场所内被核查人是否应用符合海关监管要求的计算机管理系统，并与海关实行计算机联网；（三）海关保税监管场所经营企业是否设置符合海关监管要求的账簿、报表等。
第十七条海关实施核查前，应当根据保税企业、保税货物进出口以及海关特殊监管区域、保税监管场所经营情况，确定被核查人，编制海关核查工作方案。第十八条海关实施核查前，应当通知被核查人。特殊情况下，经海关关长批准，海关可以径行核查。第十九条被核查人提供经海关认可的中介机构出具的审计报告，并经海关审核认定的，海关可以对被核查人免于实施保税核查；海关认为必要时，可以委托中介机构参与保税核查。
第二十条海关核查人员开展核查可以行使下列职权：（一）查阅、复制被核查人与保税业务有关的合同、发票、单据、账册、业务函电和其他有关资料（以下简称账簿、单证）；（二）进入被核查人的生产经营场所、货物存放场所，检查与保税业务有关的生产经营情况和货物；（三）询问被核查人的法定代表人、主要负责人或者其他有关人员与保税业务有关的情况。第二十一条被核查人应当接受并配合海关实施保税核查，提供必要的工作条件，如实反映情况，提供海关保税核查需要的有关账簿、单证等纸质资料和电子数据，不得拒绝、拖延、隐瞒。海关查阅、复制被核查人的有关资料或者进入被核查人的生产经营场所、货物存放场所核查时，被核查人的有关负责人或者其指定的代表应当到场，并按照海关的要求清点账簿、打开货物存放场所、搬移货物或者开启货物包装。被核查人委托其他机构、人员记账的，被委托人应当与被核查人共同配合海关查阅有关会计资料。第二十二条海关在核查过程中提取的有关资料、数据等，应当交由被核查人签字确认。第二十三条海关核查结束时，核查人员应当填制《海关保税核查工作记录》（见附件1）并签名。实地核查的，《海关保税核查工作记录》还应当交由被核查人的有关负责人或者其指定的代表签字或者盖章；拒不签字或者盖章的，海关核查人员应当在《海关保税核查工作记录》上注明。
第二十四条核查结束后，海关应当对《海关保税核查工作记录》和相关材料进行归档或者建立电子档案备查。第二十五条海关应当在保税核查结束后15个工作日内作出保税核查结论，并告知被核查人。发现保税核查结论有错误的，海关应当予以纠正。第二十六条海关实施保税核查，发现被核查人存在不符合海关监管要求的，可以采取以下处理方式，并填制《保税核查处理通知书》（见附件2）书面告知被核查人：（一）责令补办相关手续；（二）责令限期改正；（三）责令按照有关法律法规提供担保。第二十七条违反本办法，构成走私行为、违反海关监管规定行为或者其他违反海关法行为的，由海关依照海关法和《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》的有关法律法规予以处理；构成犯罪的，依照法律来追究刑事责任。
第二十八条本办法下列用语的含义：保税企业，是指经海关备案注册登记，按照保税政策，依法从事保税加工业务、保税物流业务或者经营海关特殊监管区域、保税监管场所的企业。保税加工业务，是指经海关批准，对以来料加工、进料加工或者其他监管方式进出口的保税货物进行研发、加工、装配、制造和相关配套服务的生产性经营行为。保税物流业务，是指经海关批准，将未办理进口纳税手续或者已办结出口手续的货物在境内流转的服务性经营行为。第二十九条本办法由海关总署负责解释。第三十条本办法自2008年6月1日起施行。附件：1．2．